此战波风水门以一敌二，丝毫不落下风。战斗开始，水门扔出刻有飞雷神标记的苦无，在周围做好了大量坐标，占得了先机，艾立刻出手，在雷遁查克拉模式的增幅下，极速攻向水门。水门的身体来不及做出任何防御和闪避的动作，只有手指能够勉强松开一把苦无，不过这已经足够了，飞雷神之术一念间发动，瞬移到了提前做好的坐标，避开了艾的一击，同时在对方惊讶之时，又瞬移回刚才手指抛出的苦无，反攻向艾。如果是单挑，这可能已经是绝杀。

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不过也不一定，因为此时艾的查克拉已经覆盖全身，从后期佐助与艾的战斗中可以知道，千鸟也只能将将穿透他的查克拉外衣，戳破他的皮肤，所以水门的苦无攻击未必能一击干掉艾，但总之奇拉比出手，用八尾的章鱼尾巴挡下了他的攻击。

这时艾也看出对方能够用瞬身术移动到任意苦无的位置，于是记下了全部苦无的坐标，打算等对方再次移动时，靠自己的速度提前移动到对方的落点进行攻击。但艾显然低估了飞雷神的速度，也低估了水门的战斗智商，水门这次没有移动到任何一枚苦无，而是直接在奇拉比的身后出现，原来刚才奇拉比用尾巴阻挡水门的攻击时，水门也在他的尾巴上刻下了飞雷神标记，这次直接瞬移到了他的身后，想要一击制敌。

不过奇拉比也很厉害，当水门的苦无悬于奇拉比头顶时，奇拉比的刀也抵住了水门的腹部，竟是两败俱伤的局面。不过后脑勺相比腹部显然更为致命，奇拉比rap：“既是战争已有觉悟，痛快一点互相刺入！？”而水门说：“虽是敌人，但我欣赏你。”于是双方各自罢手。这一战水门不能言胜，但仍然全面压制了对手，更何况对手是两位影级强者，足见水门以及飞雷神之术的强大。

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后来神无毗桥之战中，水门带领自己的学生卡卡西、带土和琳执行任务，这次任务的目标是破坏敌军补给路线上的一座桥，只要破坏了这座桥，就能切断对方的补给，促进战争胜利。作战计划是波风水门在正面诱敌，已是上忍的卡卡西带领其他两人潜入敌后，破坏神无毗桥。

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水门赶到正面战场时，敌方有五十多人，己方只有四人存活，水门说接下来就由我一个人来吧，你们把这些苦无抛过去就行，解决完正面战场的敌人后，水门立刻赶到卡卡西的身边，救下了身陷重围的卡卡西和琳，但他还是来迟一步，带土已经在战斗中“牺牲”了。神无毗桥一战切断了岩隐村的补给线，日旷持久的第三次忍界大战也在不久后结束，对于水门的贡献，《阵之书》评价道“将原本处于劣势的木叶引向胜利。”

这次战争给木叶村造成了巨大的损失，时任三代火影猿飞日斩迫于团藏等人的政治压力，辞去了火影的职务。团藏本意推荐大蛇丸继任火影，但大蛇丸平日行事冷酷不得人心，没有得到众人的认可，而波风水门处事温和、舍己为人，获得了全村人的认同，成为了木叶村的第四代火影。

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在这期间，他从尾兽玉上获得灵感，花了三年时间开发出了新术螺旋丸，无需结印的瞬发特性与飞雷神搭配相得益彰，同时他还把这招教给了师傅自来也和徒弟卡卡西，最终又流传到自己的儿子漩涡鸣人手上，成为了全剧标志性的忍术。

水门与玖辛奈结婚后，很快百步穿杨，获得一子，他用师傅所着的《毅力忍传》主人公的名字，为自己的孩子命名，即“鸣人”。

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不过由于玖辛奈身为人柱力的特殊性，分娩时尾兽封印的力量会大幅减弱，九尾有挣脱的可能性，于是三代夫妇密会水门夫妇，让玖辛奈在远离村子的结界里进行生产。这是超S级最高机密，一旦敌人得到消息趁机袭击，很可能酿成大祸，所以只有水门和少量可以绝对信任的亲卫守护。而带土却得知了这个秘密，更是准确知道玖辛奈生产的时间，在她刚刚完成分娩、九尾封印最脆弱的时刻，立即袭击了他们，到底是谁走漏了消息？

火影忍者第570集卡卡西暗部篇终于给出了答案，真相就是…卡卡西！

玖辛奈怀孕时，水门发现自己的徒弟卡卡西由于带土和琳的相继惨死，性情变得愈加阴冷，于是把他调来保护怀孕的玖辛奈，想要用新生儿诞生的过程温暖卡卡西的内心，同时也把人柱力分娩时封印会削弱的秘密告诉了他。通过十个月的守护，卡卡西果然变得温和许多，就在玖辛奈生产的前一天，水门告诉他守护的任务完成，接下来的生产过程将由三代的亲卫保护。于是当天黄昏，卡卡西去墓地祭奠了琳和带土，并在坟前说“水门老师的孩子马上要出生了。”而这一幕恰好被躲在一旁的带土看在眼里。

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我们也不用纠结为什么带土正好出现在这，总之动画算是圆了这问题，之后带土可能立即进行调查，得知了准确的时间和地点，悄无声息的暗杀了门口的护卫，在玖辛奈刚刚生下鸣人，水门正在稳固封印的时候，带土突然出现，从接生的三代之妻手里抢过了婴儿。

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